El se asió del texto "el justo por la fe vivirá", creyó en él, y encontró la paz que tanto tiempo había buscado.
Manifiestamente, tal descubrimiento de Lutero aparte del sistema religioso que lo rodeaba constituía una amenaza de instar a otros a encontrar la paz de la misma manera. Aparentemente Lutero no reconoció al principio la conclusión lógica a la que debía seguramente llegar: desafiar la validez del sistema que no le podía traer paz. Paso a paso su experiencia lo separó de la obediencia en que se había ejercitado antes. Lutero no siempre supo cuándo había dado estos pasos, y. tal vez no estaba plenamente consciente del gran paso que había dado hasta que hizo una pausa para mirar en derredor. El primero de estos pasos se centró en su oposición a la doctrina romana de las indulgencias.
La Pregunta de Lutero Acerca de las Indulgencias. — Debe recordarse que la Iglesia Romana enseñaba que todos los pecados anteriores al bautismo son lavados en ese rito. El sacramento de la penitencia estaba provisto para cuidar de los pecados posteriores al bautismo. Si un hombre pecaba, debía presentarse al sacerdote con contrición en su corazón por el pecado, confesar su pecado al sacerdote, recibir la absolución (en la cual el sacerdote, en nombre de Dios, perdona la culpa eterna de este pecado), y entonces realiza una buena obra o satisfacción para cuidar de la culpa terrenal. Es decir, que cada pecado ofendía en dos direcciones: traía culpa ante Dios y agraviaba a la iglesia terrenal. Él, sacerdote pronunciaba el perdón de Dios; la herida a la institución terrenal debía ser expiada por oraciones especificas donativos de dinero, o un acto de devoción similar. Descuidar el castigo terrenal, se enseñaba, traía sufrimiento adicional en el purgatorio, después de la muerte.
La manera más popular de pagar esta deuda terrenal en los días de Lutero era mediante la compra de autos de indulgencia de los representantes papales. Estas indulgencias eran declaraciones escritas que anunciaban una remisión específica de castigo del comprador. Eran procuradas por aquellos que deseaban escaparse de largas residencias en el purgatorio después de la muerte, y también por los que tenían seres queridos" ya en el purgatorio y deseaban aplicar este crédito a la cuenta del que ya estaba sufriendo.
Ya para 1516 Lutero había debatido la doctrina de las indulgencias. Su propio gobernador Federico, el elector de Sajonia, tenía una vasta colección de reliquias. Si una persona miraba estas reliquias y hacía una ofrenda adecuada, se le daba un auto de indulgencia concediéndole la remisión de un castigo canónico específico. La genuinidad del cambio espiritual de Lutero se verificó cuando en 1516 él arriesgó su propia subsistencia al debatir la validez de la doctrina de las indulgencias, porque una parte de su propio salario venía de los productos de la venta de indulgencias. En_1517 Lutero había alcanzado el punto de, exasperación. El papa León X había vendido el arzobispado de Mainz a Alberto de Brandenburgo. Para permitirle a Alberto pagar el dinero prestado para la compra de este puesto, y también para ganar dinero supuestamente para la construcción de la catedral de San Pedro en Roma, León declaró una venta especial de indulgencias. Para atraer compradores se pervirtió la antigua doctrina católica de indulgencias, y parece que algunos pretendían que podía obtenerse el perdón de los pecados mediante ellas. Tetzel, el monje dominico, recibió la tarea de pregonar estas indulgencias.
La cosa que enfureció a Lutero fue la sugestión de que tanto la culpa contra Dios y el castigo contra la iglesia terrenal podían ser cuidadas por las indulgencias. Puesto que Federico, el príncipe de Lutero también estaban ocupado en la venta de indulgencias eclesiásticas al pueblo, a Tetzel se le prohibió entrar al electorado de Sajonia con el propósito de vender esas nuevas indulgencias. Sin embargo, Tetzel llenó de gente las mismas fronteras del electorado de Sajonia para que los que pudieran estar interesados pudieran cruzar y comprar las indulgencias. Entonces, en octubre 31 de 1517, Lutero preparó noventa y cinco tesis para debatir, y de acuerdo con la costumbre de la universidad, las clavó en la puerta de la iglesia de Wittenberg, que en un sentido era la capilla de la universidad. Estas declaraciones (o tesis) invitaban a debatir sobre tres temas generales: (1) el tráfico de indulgencias, que Lutero reconocía como no escriturario, sin eficacia, y peligroso; (2) el poder del papa para perdonar la culpa y el castigo no canónico, que Lutero negaba; y (3) el carácter del tesoro de la iglesia, supuestamente consistente en méritos donados por Cristo y los santos. Lutero negaba que los méritos de Cristo y de los santos constituyeran tal tesoro para ser usado por la iglesia.
La tormenta general que siguió a está protesta parece haber sido una sorpresa para Lutero. Las imprentas, un nueva método de guerra intelectual, reprodujeron la protesta de Lutero, y la tradujeron del latín alemán, para los ojos de toda Alemania. El lenguaje de Lutero era claro y directo, escrito en el vocabulario y espíritu del alemán típico. Desde varios ángulos la protesta reunía el antagonismo popular contra el papado de muchas clases: biblicistas, patriotas, místicos, humanistas. El papa León X no se alarmó al principio por la protesta. Cuando él se dio cuenta específicamente, su primera acción directa fue nombrar un nuevo general de la orden Agustina con instrucciones de disciplinar a Lutero. Sin embargo, en una reunión del capítulo de Lutero en abril de 1518 en Heidelberg, Lutero encontró algún. Apoyo. Desde entonces, él empezó a asumir una actitud más osada. Pronto empezó a debatir la primacía histórica ininterrumpida del papado y después negó completamente el poder del papa sobre el purgatorio.
En julio de 1518, Silvestre Prierias, un oficial dominico de Roma, atacó a Lutero como un hereje. La respuesta de Lutero fue aun más lejos hacia la posición evangélica. El mantenía que tanto el papa como el concilio ecuménico podían equivocarse y que lo habían hecho, y que solo las Escrituras son una autoridad infalible. A Lutero se le ordenó presentarse en Roma para responder del cargo de herejía, pero por medio de la influencia de su príncipe, Federico, la consulta fue referida al cardenal Cayetano en Augsburgo. Esta entrevista en octubre de 1518, sacó de Lutero la negación directa de la autoridad de una bula papal porque Lutero afirmaba que la voz de las Escrituras tenía más peso que la voz del papa.
En noviembre Lutero apeló a un concilio general como, autoridad terrenal final en el cristianismo para trasmitir sus conceptos. Esto constituyo un acto de hostilidad directo contra la persona del papa, puesto que los papas anteriores por un siglo habían descrito tal apelación como herejía abierta. La precaria situación de Lutero, sin embargo, fue grandemente socorrida por la influencia de Federico. El Santo Emperador Romano murió el 12 de enero de 1519, y Federico era uno de-los siete hombres que podían elegir uno nuevo. El papa deseaba ardientemente imponer al que debía ser elegido, y consecuentemente era muy condescendiente con Federico. Esto explica probablemente la reversión de la política antagonista del papa.
Karl Von Miltitz, un alemán, fue enviado a conciliar a Lutero hasta que se hubiera escogido un nuevo emperador. Miltitz sólo le pidió a Lutero refrenarse de debatir la cuestión. Lutero consintió con la condición de que sus ponentes hicieran lo mismo. Sin embargo, el profesor Juan Eck de la Universidad de Ingolstadt no mantuvo esta tregua y atacó a Lutero sin llamarlo por su nombre. Por la influencia de Eck se arregló un debate, que tuvo lugar en Leipzig, a principios de julio de 1519. Aquí Lutero fue llevado a aprobar las doctrinas de Juan Huss, que había sido condenado y quemado por el Concilio de Constanza un siglo antes. En julio 15 de 1520 se emitió una bula, de excomunión contra Lutero, mandándole retractarse dentro de sesenta días. Lutero la quemó después públicamente.
Durante el resto del verano y en el otoño, Lutero escribió los principales tratados que describían sus creencias. En agosto se publico el Discurso a la Nobleza Alemana. En este tratado Lutero instaba a una reforma de la iglesia por el magistrado cristiano. También atacaba las pretensiones del papado de que el poder espiritual está sobre el temporal, que sólo el papa puede interpretar las Escrituras, y que los concilios ecuménicos sólo pueden ser convocados por un papa. Sus proposiciones de reforma quitaban la riqueza material y las posesiones del papa y exaltaban un ministerio espiritual. Lutero también ataco el monasticismo y el celibato. Los abusos y las corrupciones dentro de la iglesia también debían ser corregidas.
En octubre se imprimió el tratado de Lutero sobre la Cautividad Babilónica de la Iglesia. En este tratado Lutero negaba la eficacia de las indulgencias y osadamente atacaba el sistema sacramental de Roma. El insistía en que tanto el pan como el vino de la Cena debían servirse al pueblo, y trataba de la necesidad de la fe del participante para asegurar su eficacia. En su discusión del bautismo, creó una continua tensión en su sistema teológico al eliminar la necesidad de la expresión personal de la fe como un prerequisito para el bautismo. Es decir, que él demandaba fe personal para la Cena, pero no estipulaba nada para tal fe antes del bautismo. El continuaba con una discusión crítica de la penitencia, la confirmación, el matrimonio, las órdenes y la extrema unción. El eliminaba todos los sacramentos, excepto la Cena y el bautismo, pero encomiaba partes del sacramento de la penitencia. El siguiente mes apareció su tratado sobre La Libertad del Hombre Cristiano. Este escrito exaltaba la libertad y el sacerdocio de cada creyente, fuera laico, sacerdote, obispo o papa.
Estos escritos y otros de un tono similar, haciéndose progresivamente más osados en sus ataques sobre las doctrinas centrales que apoyaban al papado, separaron a Lutero completamente de la Iglesia Romana e hicieron imposible un arreglo. El 17 de abril de 1521, siguiendo un requerimiento del emperador Carlos V, Lutero compareció ante la Dieta del Imperio, que se reunía en Worms. Después de dos audiencias en las que Lutero defendió valientemente sus conceptos, fue secuestrado por sus amigos (tal vez bajo órdenes secretas dé Federico) y el 4 de mayo llegó disfrazado a Wartburgo. Mientras tanto, el 26 de mayo en Worms, después que los partidarios de Lutero hubieron regresado a su lugar, las fuerzas papales pudieron conseguir un edicto que proclamaba proscrito a Lutero. Así, a mediados de 1521, Lutero había sido excomulgado por la Iglesia Romana y proscrito por el imperio.