Al mismo tiempo que el cristianismo se enfrentaba a su prueba más severa del exterior, también estaba luchando por retener su pureza original de doctrina y práctica. De las dos batallas la segunda era más importante; sin embargo, cuando la primera fue ganada, la segunda aunque no se perdió completamente, sí infligió grandes y terribles heridas sobre el cristianismo.
Los escritos cristianos más antiguos fuera del Nuevo Testamento son de interés porque revelan la condición interna del cristianismo e indican la dirección del pensamiento. Seis escritos primitivos (además de varios fragmentes) han sido conservados.
(1) Una carta escrita alrededor del año 96 d. de J.C., por Clemente, pastor de Roma, en respuesta a una dirigida a él por la iglesia en Corinto, es probablemente típica de muchas cartas semejantes escritas por los diversos obispos influyentes de todo el imperio. Parece que la iglesia de Corinto había depuesto algunos presbíteros que habían sido nombrados por los apóstoles. Clemente urge a la iglesia a volver a esos hombres a su oficio, y comenta con amplitud sobre los males de los celos y divisiones.
(2) Una carta titulada la "Epístola de Bernabé" (pero probablemente no fue escrita por Bernabé el colaborador de Pablo) se ha conservado. Su énfasis principal está sobre la superioridad del cristianismo sobre el judaísmo. Este escrito puede fecharse entre 70 y 135.
(3) Se ha levantado mucha controversia sobre las epístolas de Ignacio. Los eruditos disienten acerca de muchas epístolas que Ignacio escribió, respecto a la genuinidad de muchas referencias en las epístolas, y acerca del texto correcto de las cartas. Algunos le asignan, doce cartas a él, otros siete, y algunos siguen una versión Siria que le concede sólo tres epístolas. Si son auténticas, estas cartas parecerían haber sido escritas por el año 115, después que Ignacio había sido condenado a muerte por el emperador Trajano.
Estas cartas contienen muchas exhortaciones a las iglesias a ser fieles a los obispos, presbíteros y diáconos que Dios les había dado. La carta a la iglesia de Roma, en particular, reitera constantemente el deseo de Ignacio de ser devorado por los animales salvajes en la arena, como un mártir de Cristo.
(4) Una alegoría religiosa llamada El Pastor de Hermas, escrita alrededor del año 140, tuvo mucha influencia en el siglo segundo. Está formada de cinco visiones, doce mandamientos y diez similitudes, con el intento de promover la pureza y la fidelidad.
(5) La epístola de Policarpo data del año 116, aproximadamente. Policarpo era pastor de Esmirna. Era muy importante porque era discípulo íntimo del apóstol Juan y maestro de Ireneo, un prominente escritor del segundo siglo. La epístola de Policarpo consiste principalmente de citas bíblicas dirigidas a inculcar la pureza en doctrina y la constancia en el servicio.
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Estos, escritos cristianos primitivos reflejan un cristianismo puro y saludable. El fuerte énfasis sobre la obediencia a los oficiales de la iglesia en Ignacio (si realmente son las cartas de Ignacio de 115 y no contienen interpolaciones posteriores) muestra la tendencia que más tarde se convirtió en una corrupción del modelo del Nuevo Testamento. Otros escritos posteriores a estos asignados a Ignacio, sin embargo, no muestran evidencia de esa tendencia. Principalmente, estos escritos muestran el uso extensivo de las Escrituras como autoridad, dan gran cantidad de buenos consejos y aspiran a producir pureza de vida y fidelidad en el servicio.
Más tarde en el segundo y tercer siglo el cristianismo se enfrento a varias luchas internas, que pueden ser bosquejadas bajo cuatro encabezamientos, como sigue: la lucha contra la dilución del cristianismo; la lucha contra especulaciones inadecuadas de Cristo y